Магдалины, претерпела тяжёлые испытания во время Отечественной войны 1812 г., горела в 1835 г., после чего была возведена в нынешнем, каменном обличье –– на пожертвования народа. 

В 1922 г. большевики изъяли из церкви все ценности, устроили в ней картофельный склад. На верующих, пытавшихся возобновить деятельность храма в 1934 и 1941 годах, осуществлялись гонения. В 1949 г. купола и колокольни церкви были разобраны, интерьер полностью перекроен. В 1950-м церковь снова закрыли и перестроили, а в здание переехал городской архив. И только в 1990 г., во время политической оттепели и перестройки, храм вернули к его первоначальному образу. А в 1997-м, к 150-летию церкви, в её приходе открылась воскресная школа (построенная ещё в 1903 г.). В «Своде памятников истории и культуры Белоруссии» говорится, что церковь является оригинальным памятником архитектуры так называемого русско-византийского стиля, получившего распространение на территории Российской Империи с 30-40-х гг. XIX века. Это один из первых памятников такого типа, сооружённых на белорусской земле. Затем вблизи церкви возвели и освятили часовню в честь Собора белорусских святых, а к 2000-му была завершена роспись храма, над которой трудился минский художник-иконописец Виктор Довнар.

Сейчас здесь хранятся: ковчежец с частицей мощей святой равноапостольной Марии Магдалины; он выносится для поклонения в день её памяти, а также в последнее воскресенье каждого месяца, когда служат акафист равноапостольной; икона Оптинских старцев с их мощами; мироточивший образ Николая Чудотворца (о его чудодейственных свойствах впервые узнали в 2002 г., когда в Минск пришёл крестный ход с иконой Царских мучеников); эту икону принесли в церковь Марии Магдалины. Спустя некоторое время паломники заметили на образе Николая Чудотворца капельки влаги. Мироточение продолжалось несколько дней. Среди особо почитаемых святынь церкви Марии Магдалины –– крест с частицами мощей Божиих угодников, который во время одного из визитов в Беларусь преподнёс в дар патриарх Алексий II.

Святыни доступны для паломников в любой день. Считается, что, прикасаясь к святыням, человек получает благодать, освящается от них, и это помогает ему в жизни, наставляет на путь веры, любви и добра.

И в наши дни приход Марии Магдалины активно занимается миссионерской и благотворительной деятельностью. Сестричество опекает главный военный клинический госпиталь. Молодёжная организация посещает дома-интернаты, проводит встречи с подрастающим поколением в воскресной школе, чтобы мальчишки и девчонки, читая церковные книги, размышляя над словами старцев или изучая историю церковных праздников, понимали, каким образом они сталкиваются со всем этим в повседневной жизни. Следуя наставлению апостола Иакова: «Вера без дел мертва», молодёжь организует благотворительные акции «Помогите монастырю», «Подготовь ребёнка к школе», «Потрудимся во славу Божию» и много других добрых дел.